- Oggetto:
- Oggetto:
Bioinformatics
- Oggetto:
Bioinformatics
- Oggetto:
Academic year 2021/2022
- Course ID
- NEU0264B
- Teaching staff
- Ivan Molineris (Lecturer)
Prof. Paolo Provero (Lecturer) - Modular course
- DataScience (NEU0264)
- Year
- 1st year
- Teaching period
- First semester
- Type
- Distinctive
- Credits/Recognition
- 5
- Course disciplinary sector (SSD)
- BIO/11 - biologia molecolare
- Delivery
- Formal authority
- Language
- English
- Attendance
- Obligatory
- Type of examination
- Written and oral (optional)
- Oggetto:
Sommario del corso
- Oggetto:
Course objectives
The course aims to provide the students with the theoretical and practical knowledge necessary to understand and perform the analysis of modern high-throughput experimental assays, in particular of next generation sequencing (NGS); and to extract biologically useful and clinically actionable information from such analyses.
Il corso si propone di fornire agli studenti le conoscenze teoriche e pratiche necessarie per comprendere ed eseguire l'analisi dei moderni saggi sperimentali high-throughput, in particolare del next generation sequencing (NGS); e per estrarre informazioni biologicamente utili e clinicamente utilizzabili da tali analisi.
- Oggetto:
Results of learning outcomes
At the end of the course the students will be able to understand the results of high-throughput biological experiments commonly used in the current literature; to perform the most common analysis tasks of NGS data; and to extract information of biological of clinical interest from the resulst of the analysis.
Al termine del corso gli studenti saranno in grado di comprendere i risultati di esperimenti biologici high-throughput comunemente utilizzati nella letteratura attuale; eseguire le attività di analisi più comuni dei dati NGS; ed estrarre informazioni di interesse biologico e clinico dal risultato dell'analisi.
- Oggetto:
Course delivery
Classroom lectures and practical sessions in computer room.
Lezioni frontali ed eseritazioni pratiche in aula informatica
- Oggetto:
Learning assessment methods
Written test; practical assignment; optional oral test.
Esame scritto; esercitazioni pratiche; orale opzionale.
- Oggetto:
Program
- Basic concepts in bioinformatics: sequence alignment, reconstruction of phylogenetic trees,comparative genomics, functional enrichment
- Bionformatics of Next Generation Sequencing: read alignment
- Genome and exome sequencing: variant calling, variant annotation and prioritization, genome-wide association studies
- RNA-sequencing: class comparison and class discovery
- ChIP-sequencing: peak calling and regulatory motif analysis
- Investigating chromatin: histone marks, ATAC-seq, and annotation of the non-codign genome
- The 3D structure of the genome: HiC, genome compartments, TADs, and enhancer-promoter interactions
- Concetti di base in bioinformatica: allineamento di sequenze, ricostruzione di alberi filogenetici, genomica comparativa, arricchimento funzionale
- Bionformatica del next generation sequencing: allineamento di short reads
- Sequenziamento del genoma e dell'esoma: identificazione delle varianti, annotazione e prioritizzazione delle varianti, studi di associazione genome-wide
- Sequenziamento dell'RNA: confronto di classi e scoperta di classi
- ChIP-sequencing: peak calling e analisi dei motif regolatori
- Cromatina: marker istonici, ATAC-seq e annotazione del genoma non codificante
- La struttura 3D del genoma: HiC, compartimenti genomici, TAD e interazioni enhancer-promoter
Suggested readings and bibliography
- Oggetto:
Slides, lecture notes, and review articles to be suggested during the course.
Slide, dispense e articoli di review che saranno indicati durante il corso.
- Oggetto:
