- Oggetto:
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Bioinformatics
- Oggetto:
Bioinformatics
- Oggetto:
Academic year 2023/2024
- Course ID
- NEU0264B
- Teachers
- Ivan Molineris (Lecturer)
Paolo Provero (Lecturer) - Year
- 1st year
- Teaching period
- Second semester
- Type
- Distinctive
- Credits/Recognition
- 5
- Course disciplinary sector (SSD)
- BIO/11 - molecular biology
- Delivery
- Formal authority
- Language
- English
- Attendance
- Obligatory
- Type of examination
- Written
- Type of learning unit
- modulo
- Modular course
- DataScience (NEU0264)
- Prerequisites
- Mathematics at the level of elementary calculus. Basic probability and statistics. The "Mathematical Modeling" online course at https://start.unito.it/ covers most of the prerequisites.
- Oggetto:
Sommario del corso
- Oggetto:
Course objectives
The course aims to provide the students with the theoretical and practical knowledge necessary to understand and perform the analysis of modern high-throughput experimental assays, in particular of next generation sequencing (NGS); and to extract biologically useful and clinically actionable information from such analyses.
Il corso si propone di fornire agli studenti le conoscenze teoriche e pratiche necessarie per comprendere ed eseguire l'analisi dei moderni saggi sperimentali high-throughput, in particolare del next generation sequencing (NGS); e per estrarre informazioni biologicamente utili e clinicamente utilizzabili da tali analisi.
- Oggetto:
Results of learning outcomes
At the end of the course the students will be able to understand the results of high-throughput biological experiments commonly used in the current literature; to perform the most common analysis tasks of NGS data; and to extract information of biological of clinical interest from the resulst of the analysis.
Al termine del corso gli studenti saranno in grado di comprendere i risultati di esperimenti biologici high-throughput comunemente utilizzati nella letteratura attuale; eseguire le attività di analisi più comuni dei dati NGS; ed estrarre informazioni di interesse biologico e clinico dal risultato dell'analisi.
- Oggetto:
Program
- Basic concepts in bioinformatics: sequence alignment, reconstruction of phylogenetic trees,comparative genomics, functional enrichment
- Bionformatics of Next Generation Sequencing: read alignment
- Genome and exome sequencing: variant calling, variant annotation and prioritization, genome-wide association studies
- Analysis of RNA-sequencing dtata: class comparison, class discovery and enrichment analysis
- Analysis of ChIP-sequencing: peak calling and regulatory motif analysis
- Analysis of genetic variants and eQTLs
- Analysis of single-cell omics data and data intergration
- Concetti di base in bioinformatica: allineamento di sequenze, ricostruzione di alberi filogenetici, genomica comparativa, arricchimento funzionale
- Bionformatica del next generation sequencing: allineamento di short reads
- Sequenziamento del genoma e dell'esoma: identificazione delle varianti, annotazione e prioritizzazione delle varianti, studi di associazione genome-wide
- Analisi dei dati di sequenziamento dell'RNA: class comparison, class discovery e analisi di arricchimento
- Analisi dei dati di ChIP-seq: identificazione dei picchi e analisi dei motifs regolatori
- Analisi delle varianti genetiche e di eQTL
- Analisi di dati omici di singola cella e integrazione dei dati
- Oggetto:
Course delivery
Classroom lectures and practical sessions in computer room. The lessons will be streamed on the webex pages of the instructors:
https://unito.webex.com/meet/paolo.provero
https://unito.webex.com/meet/ivan.molineris
and recorded.
Lezioni frontali ed esercitazioni pratiche in aula informatica.
Streaming sulle pagine webex dei docenti
https://unito.webex.com/meet/paolo.provero
https://unito.webex.com/meet/ivan.molineris
Le lezioni saranno registrate.
- Oggetto:
Learning assessment methods
Written test; practical test.
At the sole discretion of the instructors some students might be asked to discuss the written and practical tests in an oral session
Esame scritto; prova pratica.
A discrezione dei docenti ad alcuni studenti potra' essere richiesto di discutere le prove scritte in forma orale
Suggested readings and bibliography
- Oggetto:
Slides, lecture notes, and review articles to be suggested during the course.
Slide, dispense e articoli di review che saranno indicati durante il corso.
- Oggetto:
Notes
- Enroll
- Closed
- Enrollment opening date
- 05/04/2022 at 08:00
- Enrollment closing date
- 05/04/2022 at 19:00
- Oggetto:
